Le Renforcement des capacités institionnelles des associations membres est l'un des axes principaux d'intervention du Collectif Autisme Maroc. Un réseau tire sa force de la qualité de gouvernance et de gestion  de ses associations membres. Ainsi depuis sa création , le Collectif a organisé plusieurs sessions de formation au profit des dirigeants et responsables des associations adhérentes, notamment avec l'appui de Caritas Maroc et de la Principauté de Monaco et avec le soutien technique de Handicap International.

Principaux modules proposés :

• L'ingénierie de projets
• la construction de partenariats
• la planification stratégique
• le plaidoyer 

Par ailleurs, plusieurs guides et références juridiques relatifs à la gestion administrative et comptable ont été adressés aux associations membres.